Tras el triunfo de la Revolución Cubana, en enero de 1959, Juan Marinello continuó dando su aporte al desarrollo del proceso revolucionario y desempeñó a cabalidad distintas responsabilidades, entre ellas las de Rector de la Universidad de La Habana y la de Presidente del Movimiento Cubano por la Paz y la Soberanía de los Pueblos.
Fue también diputado a la Asamblea Nacional del Poder Popular y presidió la mesa de edad en diciembre de 1976 la sesión constitutiva del máximo órgano de gobierno de Cuba.
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