En esta institución se halla la colección de moluscos más completa de Cuba. Alrededor de ocho mil exponentes forman la amplia muestra en la que están representados el desarrollo y evolución de la vida desde los tiempos remotos. La colección de malacología la componen cerca de cinco mil ejemplares de los más llamativos y variados colores.
El edificio donde está el museo es de estilo colonial y se encuentra situado en el corazón de la ciudad.
El museo de Historia Natural ubicado en la ciudad holguinera realiza labores de extensión cultural a través de proyecciones de materiales científicos y otros tipos de actividades.
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